Moko Apt

Menebar Ilmu Pengetahuan

Belajar Asyik [Toksikologi] dengan T3DB

Leave a comment


Selama ini ketika kuliah toksikologi serasa sedang menelan “racun” yang sulit dipelajari dan membuat “mual-muntah” lantaran materi yang sulit dimengerti. Pengalaman pribadi sih, sampai transkrip nilai sarjana keluar, di ulang beberapa kali nilai mata kuliah Toksikologi juga tidak kunjung membaik, dimulai dari nilai C, remed 1 masih C, remed 2, dan 3 akhirnya mentok di nilai B. Namun tidak usah berkecil hati, karena sekarang sudah ada T3DB. Apakah T3DB itu?

T3DB atau nama panjangnya adalah Toxin-Toxin Target Databased merupakan databased toksin dan toksin target yang superlengkap. Dipublikasikan pertama kali pada 6 November 2009 di Jurnal Nucleic Acids Research, 2010, Vol. 38. T3DB meruapakan databased yang superlengkap dimana para dokter/physician, toxicologist, clinical chemists, peneliti metabolomics, educator dan masyarakat umum dapat mengakesnya secara gratis di http://t3db.org.

Berbeda dengan databased yang telah ada seperti Animal Toxin Database (ATDB), SuperToxic, Aggregated Computational Toxicology Resource (ACToR) dan Comparative Toxicogenomics Database (CTD), T3DB juga terintegrasi dengan biochemical atau metabolomic databases seperti Human Metabolome Database (HMDB), DrugBank atau PharmGKB, sehingga pemakai semakin luas dan informasi yang diperoleh semakin lengkap.

Deskripsi Databased

T3DB adalah multi-purpose, tersedia freely, sumber online toxicology yang menyediakan informasi secara dalam, kuantitatif dan molecular-scale terkait toksin dan aksi aksinya. Sesuai namanya, T3DB mencoba mengubungkan toksin dan taget biologis (biasanya protein). Informasi interaksi molekuler ini lebih lanjut ditambah dengan deksripsi mekanisme aksi toksin, metabolismenya di dalam tubuh, tingkat dosis toksik atau lethal, potensi karsinogen, sumber paparan, gejala atau efek pada tubuh dan saran terapinya.

Secara total terdapat lebih dari 80 data field meliputi rumus struktur, sifat fisika-kimia, toksikologi, rute pemberian, treatment dan target protein/makromolekul, dll. T3DB sejauh ini mengandung lebih dari 2900 toxin terhubung dengan lebih dari 34 000 sinonim yang berbeda. Setiap toksin lebih lanjut tergubung dengan 1300 protein target melalui sekitar ikatan 33 500 toxin and toxin-target, didukung lebih dengan lebih dari 3100 referensi. Seluruh database, termasuk teks, sequence, struktur dan data gambar menduduki sekitar memori yang dapat download secara gratis.

Secara tampilan, Anda bias mengaksesnya dengan mode “search” atau “browse”. Gambar bisa dilihat di bawah ini.

Walaupun databased ini canggih, bukan tanpa kekurangan. Jika dibandingkan dengan databased lain, 2900 di T3DB vs 500 000senyawa di ACToR. Beberapa field masih ada yang kosong karena masih dalam tahap pengembangan. Namun kata kuncinya, walau lebih sedkit namun kelebihannya T3DB bersifat “dept-information”. Malah dikatakan dalam waktu dua tahun ke depan akan ditambah informasi sampai ke spektra molekulnya.

Untuk lebih lanjut, silahkan di coba dan di eksplre sendiri informasi yang tersedia. Untuk eksplore lebih lanjut, Anda bisa baca artikel berikut.

Author: admin

menebar ilmu pengetahuan

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s